Z původních pěti variant rozšíření základní školy o druhý stupeň zbyla jedna jediná. Vedení obce nyní vážně zvažuje, že pro druhý stupeň postaví zcela novou budovu v Nádražní ulici.
Obec již zahájila jednání s majitelkami pole podél Nádražní ulice o možném odprodeji části pozemku. Celá lokalita je v novém územním plánu vyhrazena pro výstavbu nové čtvrti a počítá se zde mimo jiné i se základní školou. Přesné umístění budovy, cest a dalších objektů by musel stanovit regulační plán, na kterém se zatím nezačalo pracovat. Projektant Lukáš Grasse by se jím měl podle starosty Jakuba Bryndy začít zabývat v nejbližších měsících.
Původně se uvažovalo o tom, že učebny pro druhý stupeň se vybudují vestavbou současné tělocvičny. Na tělocvik by pak žáci docházeli do budovy kulturního domu. Podle ředitelky školy Věry Špačkové (dříve Bavorové) si lze takové řešení představit ale jen pro druhý stupeň, kdy mají žáci dvě hodiny tělesné výchovy za sebou. V případě prvního stupně, kdy tělesná výchova trvá jednu vyučovací hodinu, by podle ředitelky podstatná část hodiny padla na přesuny žáků mezi budovou školy a kulturním domem. Proto tato varianta nakonec padla.
Tělocvična nevznikne ani v místě sousední samoobsluhy, neboť budova není v současné době na prodej. Přístavba patra nad současnou budovu není možná pro rozpor s územním plánem a zejména památkovou ochranou blízkého zámku. Variantu využití budovy bývalé vinopalny na návsi zavrhlo přímo vedení obce, které sem chce přestěhovat obecní úřad a zároveň zde chce ponechat restauraci a nájemní byty. Rozšíření současné budovy do prostor zahrady obec odmítá též.
Ve hře však stále zůstává možnost, že by se do uvolněných prostor po obecním úřadu přestěhovaly družiny. Tím by v budově školy vznikl potřebný prostor pro nové učebny druhého stupně.
Současně se vedou jednání se sousedními Veltrusy o možném rozdělení žáků: Zatímco Nelahozeves by se soustředila na rozvoj prvního stupně a otevřela by v něm další třídy pro přespolní žáky, Veltrusy by naopak rozšířily o další třídy druhý stupeň. První stupeň by si veltruská škola ponechala pouze pro své vlastní žáky. Podle starosty Veltrus Filipa Voláka by se takové rozdělení muselo zkoordinovat s dalšími obcemi ve spádové oblasti.